Próximo às margens baixas dos rios e lagos, onde o solo permanece sempre alagado, formam-se banhados e aparecem plantas típicas de brejos de água doce, entre as quais a taboa, a araruta, o piri, o parpiro e as bananeiras.

        Nos rios, lagoas e corixos estão presentes as plantas aquáticas como o aguapé, uma planta flutuante, que segue o curso dos rios e se ajunta em aglomerados chamado camalotes, que ficam parados nas baías, lagoas e cursos d'água. O aguapé é a planta mais freqüente do Pantanal e serve de matéria-prima para confecção artesanal de tapetes, capachos, bolsas, chapéus, etc. Os aguapés, além de servirem de alimento para algumas espécies, funcionam como "filtros" de água e do meio ambiente em que vivem de um modo geral.

        Outras plantas aquáticas presentes são: sagitária, ninféias e a vitória-régia, presas ao solo do fundo, totalmente submersas ou com as folhas e flores vistosas flutuando à superfície da água, geralmente em locais mais calmos.

        As orquídeas merecem um destaque mais elaborado, pois são as vedetes da flora pantaneira. Porém o que coloca a orquídea numa classe própria é sua gigantesca família de aproximadamente 20.000 espécie, ainda tão nova que não se estabilizou.

        A vegetação e a flora pantaneira tem um alto potencial econômico para a região como as pastagens nativas, plantas apícolas, comestíveis e medicinais, além de tudo ser extremamente diversificada e adaptada as condições da região, onde se alternam alta umidade e  seca acentuada, conforme a época do ano e o tipo de solo considerado. Em espaços pequenos, podem ser identificadas muitas formações vegetais diferentes, constituindo verdadeiros mosaicos de espécies, com trechos de florestas, cerrados, campinas, caatinga, chacos. Estes elementos permeiam-se pela planície afora ora alagada ora seca, desenvolvendo uma flora exótica e uma vegetação típica.