A complexidade das condições ambientais e a conseqüente variedade de vegetação chegam a justificar a designação atribuída à região de Complexo do Pantanal. Na variedade dos tipos de vegetação, multiplicam-se nichos ecológicos, que condicionam cada qual uma fauna e flora específica, e existem áreas bastante diversificadas cobertas por vegetação variada em que se alternam plantas sabedoria que o contato direto e contínuo com a natureza proporciona aos habitantes da região.

        A vegetação da bacia do Alto Paraguai pode ser dividida em 3 sub-regiões principais : "Chaco" e "Cerrado" nas planícies inundáveis e "Florestas de Transição ou Amazônica" ao norte. A vegetação do Chaco cresce numa argila pesada e impermeável; a vegetação do cerrado cresce em solos arenosos profundos, permeáveis e leves que ocorre nos afloramentos. Dentro dessas faixas maiores de vegetação, ocorrem comunidades, associações e misturas de cerrado e Chaco que coexistem de acordo com as condições do solo local e da água subterrânea.

        Os ecossistemas podem ser reconhecidos pelas suas características morfológicas, sem identificação das espécies individuais. Esses tipos morfológicos supõem-se ser o reflexo dos fatores de controle ambiental, embora o estudo da vegetação reconhecida deste modo não seja suficiente para permitir interpretações definitivas das inter-relações entre vegetação e os fatores ambientais.

        As 3 comunidades vegetais são divididas da seguinte maneira:

70% - Província do Cerrado - Representada pelos tipos estruturais constituídos pelos campos limpos e sujos, campo cerrado e cerradão. Cobrindo 97.388 Km quadrados da área pantaneira.21% - Florestas de Transição ou Amazônica - Corresponde às Várzeas e bosques em galeria do Rio Paraguai, e cursos inferiores dos seus afluentes com uma área de 29.213 Km quadrados na grande baixada de inundação.

9% - Província Chaquenha - Com bosques densos de quebracha e urundaí (em zonas relativamente bem drenadas) e savanas de carandaí, com uma área de 12.520 Km quadrados.

        Dentro do cerrado  e campo as espécie de plantas mais comuns encontradas na região são: capim-mimoso, capim-d'água, capim-colonião, barba-de-bode, carandá, onze-horas, amendoim-do-campo, mata-pasto, aromita, unha-de-vaca, rosa-da-Turquia, araça-do-campo, assa-peixe, cambarazinho, jurubeba, bocaiúva,  caraguatá, croatá, angicos, bálsamo, orelha-de-pau, mulungu, jatobá, pau-terra, aroreira, pau-de-tucano, juazeiro, imbiruçu, barriguda, piquí, maracujá, urucum, mandacaru, tarumã, fruta-do-lobo, jurubeba, arrabidéias, ipês, jenipapo e outros.