Apesar da caça indiscriminada, da devastação e das queimadas das matas, vamos encontrar uma considerável riqueza animal. Esse número vai se tornando menor, em conseqüência do desequilíbrio ecológico, originado pela devastação que altera deste modo o habitat animal. Para isso contribuiu o aumento da população rural, o grande número de fazendas, implantação de lavouras, turismo sem orientação, as queimadas, as caçadas, etc. Mesmo assim ainda é a região mais rica em fauna.

        No Pantanal, fiscalização constantes têm buscado evitar agressões ao mundo animal agressões essas que podem mesmo levar à extinção completa de alguma espécie ou subespécie se não forem evitadas a tempo.

           Entre os fatores que apresentam alto índice de agressividade podem-se citar principalmente a destruição do meio ambiente (mau uso do solo, desmatamentos, queimadas, povoamento desordenado, etc.), a caça profissional seletiva, a poluição em geral e a utilização indiscriminada de biocidas (inseticidas, fungicidas, herbicidas).

        Além disso, a depredação de um nicho ecológico ou a extinção de alguma espécie podem gerar efeitos colaterais perniciosos; um conhecido exemplo está na proliferação de piranhas em certos pontos fluviais do Pantanal devido à caça clandestina ao jacaré, um natural predador.

           Na fauna pantaneira tudo está interligado, uma espécie depende da outra para sua sobrevivência. As cadeias geralmente são curtas, devido ao grande consumo de biomassa na passagem de um elo ao outro.

        A região, que experimenta basicamente duas estações anuais - a chuvosa e a seca, além da variedade da vegetação, topografia e a imensa quantidade de água, cria condições propícias para uma infinidade de nichos ecológicos, que permitem a cada espécie local multiplicar-se naturalmente.

        Uma parte dessa fauna vive, praticamente, nos mesmos locais durante todo o ano, deslocando-se para capões, em áreas mais elevadas, somente durante as cheias. Nesses espaços restritos ou refúgios naturais, animais de espécies diferentes que, normalmente não ocupariam as mesmas áreas, são capazes de conviver no ambiente comum, que lhes oferece abrigo contra a subida das águas.