No período da "vazante", quando as águas voltam aos leitos dos rios, ocorre a saída do peixe jovem, dos campos para os rios. Como nem todo peixe consegue sair, formam-se concentrações dos mesmos nos remanescentes de água pouco profundo. Neste período se dá a chegada das aves aquáticas, e são vistas facilmente e com grande freqüência, parecendo, por isso mesmo, ser as mais numerosas da região fazendo com isso o ciclo reprodutivo. A vegetação alta da margem das lagoas é apropriado para a nidificação.        Estabelecem-se então os chamados "viveiros" ou "ninhais" compostos por várias espécies locais entre eles: cabeças-secas (Mycteria americana), garças brancas (Casmerodius albus e Egretta thula), colhereiros (Ajaia ajaja), maguaris (Ardea cocoi), socozinhos (Butorides striatus) entre outros. Estes viveiros, entretanto, não são constituídos exclusivamente por aves, mas também por outros animais, presas e predadores como o caracará ( Polyborus plancus), urubu-comum (Coragyps atratus), bugio (Alouatta caraya), macaco-prego (Cebus apella) e sucuri (Eunectes noctaeus), dentre outros.

     Quando o rio Paraguai transborda e inicia a "enchente" da grande planície pantaneira e a fauna não migratória procura as terras altas como refúgio, os peixes entram nos campos inundados, nos corixos e baías a procura de alimentos e lugares apropriados para desovar. As aves migratórias abandonam a região.

      As aves paludícolas e aquáticas, entre as quais se situam as de maior porte na avifauna do Pantanal, são vistas facilmente e com grande freqüência, parecendo, por isso ser as mais numerosas da região. As mais comumente encontradas, dentre as muitas espécies locais são: o tuiuiú ou jaburu (jabiru mycteria), a garça-branca (Casmerodius albus), o colhereiro (Ajaia ajaja), o cabeça-seca (Mycteria americana), o biguá (Phalacrocorax casilianum), o biguatinga (Anhinga anhinga), a curicaca (Turísticos caudatus), o maguari (Ardea cocoi), o quero-quero (Belonopterus cayenensis), martim-pescador (Chlorocery-americana) entre outros.

       A maior cegonha do mundo e símbolo do Pantanal o Jaburu Jabiru mycteria cuja figura sonolenta, descansando sobre uma perna, faz parte integrante da paisagem pantaneira. Segunda maior ave do Brasil (a ema é a maior) com 2 metros e 60cm de envergadura e 1 metro de altura, o tuiuiú pode pesar oito quilos - o que lhe confere certa dificuldade para voar. Como os gaviões, precisa de pista para decolar, mas, ao alçar vôo, aninha-se numa corrente de ar e viaja até 30 Km. De plumagem branca, pernas escuras e esguias, cabeça e bico pretos e o inconfundível papo vermelho. O tuiuiú é uma ave conservadora no casamento - na sua espécie não há troca de casais. Mas é o macho que cuida dos filhotes, nos ninhos montados em árvores secas e altas, enquanto a fêmea alça vôo para garimpar comida. O tuiuiú voa principalmente no período da seca, de abril a setembro, quando as águas baixam e os peixes, encurralados nas lagos rasas, tornam-se presas fáceis para os pássaros.

            Como os urubus, com os quais tem parentesco comprovado, o tuiuiú exerce uma função saneadora ao comer os restos dos animais que encontra pela frente.

            Nas áreas de cerrado e campinas encontramos a Ema Rhea americana, maior ave do continente americano, parente próximo da avestruz, que impossibilitada de voar, desloca-se andando ou correndo. Vivem em campos limpos, terras altas e cerrados, em bandos de até 20 indivíduos. Alimentam-se, praticamente de tudo que encontram: pequenos mamíferos, répteis, insetos, moluscos, vermes, mas têm preferências por grãos.

     As emas (Rhea americana), a maior ave do Pantanal, é também das mais domesticáveis, podendo ser encontrada com relativa facilidade junto às casas ou sedes das fazendas, e só existem na América do Sul. Chega aos 33 Kg, ágil, corre a 60 Km por hora. Outrora abundante nos cerrados, a ema entrou em rápida via de extinção, desde que passou a ser caçada por suas penas.

            Sobrevive em pontos isolados do cerrado, mas é no Pantanal que ela é mais numerosa e dócil: permite a aproximação do homem, mistura-se ao gado. Faz os ninhos - uma tarefa do macho - em qualquer lugar, ainda que seus ovos volumosos de 1 Kg, chamem a atenção dos predadores.

            A seriema Cariama cristata que apesar de poder voar, prefere sempre que pode correr.

            Codorna N. maculosa, vivem em campos abertos e são solitárias. Voam pouco, só pequenas distâncias. Alimentam-se de insetos, de sementes e de pequenos frutos.